Pour ma part, j'aurais tendance à aller du coté de Biollante (je vais passer sous silence le film Godzilla Vs. King Ghidorah, car trop d'incohérences avec les voyages temporels).
Si l'on prend en compte Mothra, comme l'a dit RageZilla, le fragment d'ADN est incomplet car brisé lors du combat. Je ne pense pas que ce fragment ait pu se regénerer pour la simple et bonne raison, que je pense que Godzilla peut regenerer ses blessures, seulement dans les cas où la plaie est "reliée" à son cerveau ou son organe de regeneration. C'est comme un lézard, il peut perdre sa queue pour pouvoir s'échapper d'un énemi. Il pourra faire repousser la queue, mais la queue coupée ne donnera pas naissance à un nouveau lézard.
Ainsi le fragment détenu par Mothra ne peut être celui qui a donné naissance à SpaceGodzilla. Ainsi je plancherais plus pour Biollante, car comme cela a déja été dit : Biollante est la "fille" de Godzilla, car elle possede énormément d'ADN en commun.